Isomalto-oligosacarit được hình thành bằng cách thủy phân xúc tác enzyme từ các loại ngũ cốc khác nhau (lúa mì, lúa mạch, ngô), xung (đậu lăng, đậu Hà Lan), gạo, khoai tây (Cassava), các nguồn tinh bột khác. Các enzyme, bao gồm alpha-glucosidase, alpha-amylase và pullulanase, thủy phân các polysacarit trong tinh bột để tạo ra các oligosacarit mono-, Di-, và các oligosacarat nhỏ hơn với liên kết alpha- 1,4 và alpha-1,6 glycoside. Nấm men được thêm vào để loại bỏ glucose có thể được hình thành do kết quả của các phản ứng thủy phân enzyme.
Bước cuối cùng trong quá trình thủy phân tinh bột là một bước sacar hóa mang lại xi -rô maltose cao. Xi-rô maltose tự nhiên chứa di- và tri- oligosacarit với các liên kết alpha- 1,4 glycoside. Để chuyển đổi các phân tử này thành các phân tử chức năng và calo thấp, các liên kết alpha-1,4 này được chuyển đổi bằng enzyme thành các liên kết alpha-1,6, do đó hình thành IMO. Bước này đạt được bằng cách bổ sung enzyme, transglucosidase (TG). Để tóm tắt, enzyme TG chuyển đổi malto-oligosacarit thành IMO.